得此消息后，国民党方面迅速作出反应，并提议在上海组织特别法庭进行审理。之后，负责“宋案”的江苏都督程德全将此提议电告袁世凯与北京内务部、司法部。
袁世凯当天回电同意设立特别法庭，但在法庭的组织及所在地问题上，北京方面与国民党人产生了重大分歧。
司法总长许世英认为，宋教仁遇刺案影响重大，理应提交北京大理院公开审判。国民党人则认为，既然案件发生在上海，那就应该在上海设立特别法庭审理。
为此，国民党人抢先组织了以黄郛为主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官的特别法庭，并提请中央批准。
对此，北京方面很是不满，因为伍廷芳是前南京临时政府司法总长，黄郛与王宠惠又都是革命党人，司法总长许世英考虑再三，随后又提议由上海地方检察厅负责审理。
国民党人不同意此议，据理力争坚持己见。江苏都督程德全为难之下，只好再次致电袁世凯，强调组织特别法庭的重要性。
袁世凯接电后回复，称司法总长拒绝副署，他也无权驳回，因而无法按国民党人的意见颁布命令。
之后，许世英再次做出让步，提议由伍廷芳署理上海地方审判长来审理此案，但国民党方面仍坚持原议。就在这南北争执当中，凶犯武士英却突然于四月二十四日不治身亡。
“宋案”发生后，江苏都督程德全与民政长应德闳从南京赶赴上海坐镇督办。但就在他们的眼皮底下，最重要的案犯，杀人凶手武士英似乎是莫名其妙的意外死亡，这引起了舆论界的极大不满。
其实，后来查明了武士英的死因确系是病死，但因为死的时间太过敏感，很容易使人产生联想。
在此压力下，程德全、应德闳于四月二十六日，将“宋案”的相关证据，即应桂馨、洪述祖密电函全部公开。
得知总理赵秉钧、内务府秘书洪述祖涉嫌“刺宋”密谋后，国民党人群情激奋。
黄兴随后致电袁世凯直指“国务院总理赵秉钧为暗杀主谋之犯”。认为现在都督程德全拟在上海组织特别法庭，遭到司法总长许世英的大力反对别有用心。
按许的主张在北京大理院审理，法院处于政府的藩篱之下，案件能否得到公正的审判，罪犯是否会受到应有的惩罚，政府是否会妨碍司法的公正，这些都令人担忧。
再者，“宋案”涉及政府，司法总长本就是国务院中的一员，而其上司赵秉钧为案中巨犯，又怎能不让人心存疑问？电末，黄兴请袁世凯“独持英断，毋为所挠”，以“维大局而定人心”。
两日后，袁世凯回电，称总理赵秉钧与应桂馨只通过一次信函，即一月十四日附信送达“密码电一本”，并声明今后“有电直寄国务院”，如果仅凭这一信件就一口咬定赵秉钧是“宋案”主犯，在法律与证据上都站不住脚。